2011年05月20日，浦东杨高新辟航头3路，起讫站为航头农工商航瑞路沉香苑。

2011年12月，浦东杨高（芦潮港分公司）、浦东南汇资产重组。原浦东杨高（芦潮港分公司）全部线路、浦东杨高（周浦分公司）部分线路并入浦东南汇，沪南线、周南线、南南线由浦东杨高、浦东南汇共同运营。原浦东南汇周康地区村村通公交同步划归浦东杨高（周浦分公司）运营。

2013年12月29日，浦东南汇航头3路（航头农工商航瑞路沉香苑）调整走向，起讫站调整为航头农工商瑞和路瑞阳路。

2016年07月26日，配合18号线的施工，浦东南汇1087路、1088路、1089路、航头3路航头农工商大卖场终点站调整为航吉路航头路。

2021年12月30日，浦东南汇航头3路调整运营时刻及设站，线路更名为浦东104路，票价调整为单一2元。