2006年10月15日，为配合世博会建设，周家渡轮渡停航，浦东巴士周南线、浦东冠忠周陈线周家渡终点站调整至南码头渡口。

2011年11月15日，浦东杨高沪南线、周南线、南南线调整为由芦潮港分公司、杨高分公司运营管理。

2011年12月，浦东杨高（芦潮港分公司）、浦东南汇资产重组。原浦东杨高（芦潮港分公司）全部线路、浦东杨高（周浦分公司）部分线路并入浦东南汇，沪南线、周南线、南南线由浦东杨高、浦东南汇共同运营。原浦东南汇周康地区村村通公交同步划归浦东杨高（周浦分公司）运营。

2013年07月01日，浦东杨高退出周南线合营，周南线由浦东南汇单独运营管理。

2013年07月16日，浦东南汇周南线（南码头渡口南汇汽车站）调整走向，起讫站调整为塘子泾路国展路南汇汽车站。

2018年11月30日，浦东南汇周南线（塘子泾路国展路南汇汽车站）调整走向，起讫站调整为雪野二路世博大道南汇汽车站。

2021年06月14日，浦东南汇周南线（南汇汽车站雪野二路世博大道）拆分为浦东98路（天雄路周祝公路雪野二路世博大道）、浦东99路（南汇汽车站天雄路周祝公路），两线均实行无人售票，单一票价2元。