1993年12月22日，公交总公司新辟特3路（纪家庙燕莎商城）。

1997年06月15日，公交总公司特3路（纪家庙燕莎商城）调整走向并延长为新发地客运站燕莎商城。

1999年06月18日，北京市公共交通总公司联合北京城建集团有限责任公司、北京城市开发集团有限责任公司、北京北辰实业集团公司和北京华讯集团共同发起设立北京巴士股份有限公司。同日起，公交总公司801路、802路、803路、807路、811路、812路、813路、814路、817路、819路、822路、823路、特1路、特2路、特3路、特4路、特5路、特6路、特7路和天成出租808路划归北京巴士运营。

2000年04月18日，北京巴士特3路（新发地客运站燕莎商城）延长为新发地客运站莱太花卉。

2000年12月03日，北京巴士特3路（新发地客运站莱太花卉）延长为黄村七街莱太花卉。

2001年11月，北京巴士特3路（黄村七街莱太花卉）调整为刘村七彩大世界。

2004年12月12日，北京巴士特3路（刘村七彩大世界）缩短为新发地经营者乐园七彩大世界。

2007年08月26日，北京公交集团实施第六批优化公交线网方案，双层客运分公司特3路（新发地经营者乐园七彩大世界）缩短为造甲村东燕莎桥南。

2012年05月10日，第三客运分公司特3路（造甲村东燕莎桥南）调整走向并缩短为造甲村东武圣北路。

2018年01月18日，第三客运分公司特3路（造甲村东武圣北路）调整走向并缩短为造甲村东天坛西门，同时更改路号为90路。