1998年07月10日，第五客运分公司新辟823路（东直门小马厂）。

1999年06月18日，北京市公共交通总公司联合北京城建集团有限责任公司、北京城市开发集团有限责任公司、北京北辰实业集团公司和北京华讯集团共同发起设立北京巴士股份有限公司。同日起，公交总公司801路、802路、803路、807路、811路、812路、813路、814路、817路、819路、822路、823路、特1路、特2路、特3路、特4路、特5路、特6路、特7路和天成出租808路划归北京巴士运营。

2008年07月19日，配合东直门枢纽站启用，北京公交集团及八方达客运106路、107路、123路、401路、404路、418路、623路、823路、915路、915路快车、916路快车、916路东线、918路、918路快车、980路、980路快车调整入驻东直门枢纽站。

2009年05月26日，第二客运分公司55路、210路划转至第七客运分公司。新奥客运分公司74路路划转至电车客运分公司。双层客运分公司488路、502路、506路划转至专线客运分公司；503路划转至第七客运分公司。专线客运分公司45路、67路、497路划转至第三客运分公司；823路划转至第七客运分公司。

2010年01月26日，第一客运分公司24路、201路、379路、614路划转至第七客运分公司；8路、42路、60路划转至电车客运分公司；305路划转至新奥客运分公司。第二客运分公司20路、203路划转至第六客运分公司；300路内环划转至新奥客运分公司。第四客运分公司7路划转至第二客运分公司；10路、204路内环、204路外环、334路划转至第六客运分公司。第五客运分公司352路划转至第二客运分公司；359路划转至第七客运分公司；300路外环、378路、439路划转至新奥客运分公司。第六客运分公司631路、631路快车划转至第二客运分公司；356路、480路划转至第三客运分公司；58路、212路、311路、318路、327路、385路、396路、663路划转至双层客运分公司。第七客运分公司119路、125路、407路、426路划转至第一客运分公司；104路快车、110路、116路、515路、823路划转至电车客运分公司。电车客运分公司653路划转至第一客运分公司；410路、456路划转至第二客运分公司；411路划转至第五客运分公司。新奥客运分公司681路、699路、839路划转至第一客运分公司，477路、658路、694路、697路、717路划转至第三客运分公司；509路、518路划转至第四客运分公司；75路、635路、718路划转至第五客运分公司；64路、611路、612路划转至第六客运分公司；605路、682路、701路划转至第七客运分公司。专线客运分公司482路、498路、562路划转至第四客运分公司；457路、561路划转至第五客运分公司；802路划转至第六客运分公司；467路、660路、677路划转至第七客运分公司。双层客运分公司504路、679路划转至第二客运分公司；678路、692路划转至第三客运分公司；489路、746路划转至第四客运分公司；527路、728路划转至第六客运分公司；707路划转至第七客运分公司。

2010年11月26日，北京公交集团调整所有剩余8字头线路路号。800路内环（左安路左安路）更名为特12路内环，800路外环（永定门长途汽车站永定门长途汽车站）更名特12路内环，801路（祁家坟颐和园北宫门）更名为601路，802路（左安路北京西站）更名为99路，808路（颐和园北宫门前门西）更名为608路，810路（建材城东里四惠站）更名为609路，814路（建材城东里天坛南门）更名为614路，823路（东直门枢纽站北京西站）更名为623路，826路（吕营花园颐和园）更名为626路，836路（宝隆公寓小区北亚花园）更名为617路，846路（翠福园小区五路桥东）更名为619路，849路（青塔小区天通北苑）更名为620路，852路（老君堂半截塔村）更名为621路。