2011年12月，浦东杨高（芦潮港分公司）、浦东南汇资产重组。原浦东杨高（芦潮港分公司）全部线路、浦东杨高（周浦分公司）部分线路并入浦东南汇，沪南线、周南线、南南线由浦东杨高、浦东南汇共同运营。原浦东南汇周康地区村村通公交同步划归浦东杨高（周浦分公司）运营。

2014年08月28日，浦东南汇航头1路拆分为1086路、1087路。航头2路拆分为1088路、1089路。