2016年08月01日，崇明巴士浦东金高新辟申崇四线区间。

2020年08月30日，配合长兴岛汽车站（凤舞路18号）投入使用，崇明巴士长兴1路、长兴2路、长兴3路、长兴4路终点站由马家港调整至长兴岛汽车站。长南线、陈凤线、横长线、申崇五线终点站由长兴岛枢纽站（凤凰镇汽车站）调整至长兴岛汽车站。崇明巴士浦东金高合营线路申崇四线、申崇四线区间终点站由长兴岛枢纽站（凤凰镇汽车站）调整至长兴岛汽车站。

2020年12月10日，为配合巨峰路地铁站公交枢纽施工搬迁，浦东金高、崇明巴士合营线路申崇二线、申崇四线临时调整走向，巨峰路地铁站终点站临时调整至五洲大道地铁站。申崇二线区间、申崇四线区间同步暂停运营。施工期间浦东金高临时新辟申崇免费短驳线，起讫站为巨峰路地铁站五洲大道地铁站。