2001年05月26日，公交总公司63路专线（双龙东路北京站）变更为713路；122路专线（北京站西客站）变更为721路；金星乡准专线（虎坊路黄村火车站）变更为715路；亦庄专线（农管中心崇文门）变更为723路；方西专线（方庄西客站）变更为741路；东营房准专线（前门北普陀）变更为742路；世界公园专线[北京站]（北京站东街世界公园）变更为744路。上述线路同时划归北京巴士运营。

2005年12月30日，随着南中轴路快速公交系统施工全面完成，畅达通客运快速公交1线|BRT1由2004年底的一期试运营阶段（前门木樨园）转为全线贯通正式运营阶段（前门德茂庄）。配合快速公交1线全线开通，合理配置南中轴路公交资源，同时按照统一规范线路号和站名的计划，第二客运分公司341路（木樨园青云店镇）缩短为旧宫青云店镇；替代341路撤出路段，366路（木樨园黄村火车站）调整中途走向，改行大红门路，首末站不变；377路（永定门旧宫）调整为北京南站西红门西站。北京巴士729路（东坝建材城成和园小区）缩短为成和园小区前门；736路（德茂庄玉泉路）调整为灵秀山庄东站玉泉路口南；742路（742路[上林苑]）（前门上林苑小区）调整为上林苑小区四惠桥，742路[北普陀]（前门北普陀）缩短为北普陀影视城大红门桥并更名为736路区间；859路（坤江市场灵秀山庄）调整为马各庄坤江市场城南嘉园北。