2001年03月26日，公交总公司9路专线（前门金台路）变更为729路、829路；22路专线（前门颐和园）变更为726路、826路；35路专线（天桥大郊亭）变更为745路；40路专线（五路木樨园）变更为724路、824路；300路内环专线（玉泉营环三环家居玉泉营环三环家居）、300路外环专线（航天桥航天桥）、300路内环空调（城外诚家具商场城外诚家具商场）、300路外环空调（和平街北口和平街北口）分别变更为730路内环、730路外环、830路内环、830路外环；302路专线（辛庄人民大学）变更为731路、831路；320路专线（北京西站西苑）变更为827路，320路支专线（北京西站西苑）变更为727路；332路专线（动物园颐和园）变更为732路、832路，同时因西直门外大街扩建工程以及动物园枢纽动工，延长为展览馆颐和园；358路专线（安定门立水桥、安定门天通苑小区）分别变更为758路、858路；374路专线（太平桥东里颐和园南门）变更为704路；石景山专线（石景山北京西站）变更为747路。上述线路同时划归北京巴士运营。

2001年05月26日，第二客运分公司太和乡专线（前门太和庄）划归北京巴士运营，同时与729路（前门金台路）合并并延长至延静里，调整后为729路（延静里太和庄）。

2002年09月12日，北京巴士729路（延静里太和庄）延长为辛庄太和庄。

2003年05月26日，北京巴士729路（辛庄太和庄）调整为东坝建材城旧宫。

2005年12月30日，随着南中轴路快速公交系统施工全面完成，畅达通客运快速公交1线|BRT1由2004年底的一期试运营阶段（前门木樨园）转为全线贯通正式运营阶段（前门德茂庄）。配合快速公交1线全线开通，合理配置南中轴路公交资源，同时按照统一规范线路号和站名的计划，第二客运分公司341路（木樨园青云店镇）缩短为旧宫青云店镇；替代341路撤出路段，366路（木樨园黄村火车站）调整中途走向，改行大红门路，首末站不变；377路（永定门旧宫）调整为北京南站西红门西站。北京巴士729路（东坝建材城成和园小区）缩短为成和园小区前门；736路（德茂庄玉泉路）调整为灵秀山庄东站玉泉路口南；742路（742路[上林苑]）（前门上林苑小区）调整为上林苑小区四惠桥，742路[北普陀]（前门北普陀）缩短为北普陀影视城大红门桥并更名为736路区间；859路（坤江市场灵秀山庄）调整为马各庄坤江市场城南嘉园北。

2006年01月04日，因乘客的反对意见过大，北京巴士729路（成和园小区前门）恢复为东坝建材城成和园小区。

2011年10月12日，受东坝建材城场站腾退影响，第七客运分公司729路（东坝建材城成和园小区）延长为焦庄桥北成和园小区，750路（南小街西里东坝建材城）调整为南小街西里焦庄桥北。

2014年04月26日，第七客运分公司729路（焦庄桥北成和园小区）拆分为619路（焦庄桥北北京站东）和622路（成和园小区北京站东），622路同时划转至第二客运分公司运营。