2001年05月26日，公交总公司63路专线（双龙东路北京站）变更为713路；122路专线（北京站西客站）变更为721路；金星乡准专线（虎坊路黄村火车站）变更为715路；亦庄专线（农管中心崇文门）变更为723路；方西专线（方庄西客站）变更为741路；东营房准专线（前门北普陀）变更为742路；世界公园专线[北京站]（北京站东街世界公园）变更为744路。上述线路同时划归北京巴士运营。

2007年09月16日，北京公交集团实施第六批优化公交线网方案，调整一批穿城长途线路，削减中途站位改为大站快车，同时变更路号。735路（郁金香花园南门海淀桥东）调整并更名为641路；710路（善各庄新纪元石材市场）调整并更名为677路；801路快车（四方桥西颐和园北宫门）调整并更名为683路；705路（朝新嘉园建欣苑）调整并更名为686路；822路（北京华侨城南站宝隆公寓小区）调整并更名为687路，同时调整为北京华侨城宝隆公寓小区；804路（姜庄湖花乡驾校）调整并更名为689路，同时缩短为花乡驾校惠新东桥西；726路（前门颐和园）调整并更名为690路；719路（韩庄子北北京轮胎厂）调整并更名为691路；744路（北京站东世界公园公交总站）调整并更名为692路；748路（育新小区晓月苑小区）调整并更名为693路；702路（嘉铭园宝隆公寓小区）调整并更名为694路；727路（北京西站清河营村）调整并更名为695路；737路（香山孙河乡政府）调整并更名为696路；716路（菜户营桥东颐和山庄）调整并更名为697路；733路（香山城南嘉园北）调整并更名为698路；811路（富丰桥西回龙观小区）调整并更名为699路；840路内环（黄土岗村黄土岗村）调整并更名为特9路内环；840路外环（十八里店村十八里店村）调整并更名为特9路外环，同时调整为黄土岗村黄土岗村。