2002年06月02日,北京巴士新辟736路(德茂庄老年公寓)。
2004年12月27日,北京巴士736路(德茂庄老年公寓)缩短为德茂庄玉泉路。
2005年12月30日,随着南中轴路快速公交系统施工全面完成,畅达通客运快速公交1线|BRT1由2004年底的一期试运营阶段(前门木樨园)转为全线贯通正式运营阶段(前门德茂庄)。配合快速公交1线全线开通,合理配置南中轴路公交资源,同时按照统一规范线路号和站名的计划,第二客运分公司341路(木樨园青云店镇)缩短为旧宫青云店镇;替代341路撤出路段,366路(木樨园黄村火车站)调整中途走向,改行大红门路,首末站不变;377路(永定门旧宫)调整为北京南站西红门西站。北京巴士729路(东坝建材城成和园小区)缩短为成和园小区前门;736路(德茂庄玉泉路)调整为灵秀山庄东站玉泉路口南;742路(742路[上林苑])(前门上林苑小区)调整为上林苑小区四惠桥,742路[北普陀](前门北普陀)缩短为北普陀影视城大红门桥并更名为736路区间;859路(坤江市场灵秀山庄)调整为马各庄坤江市场城南嘉园北。
2008年11月15日,为配合玉泉路公交场站搬迁,同时启用鲁谷公交场站,第三客运分公司452路、第六客运分公司389路、530路、617路、619路、621路、双层客运分公司472路、473路、736路首(末)站由玉泉路口南(西)调整至鲁谷公交场站;第六客运分公司481路(玉泉路口南颐和园新建宫门)延长为吴庄颐和园新建宫门;双层客运分公司817路(玉泉路口南国防大学)调整中途走向并延长为鲁谷公交场站国防大学,同时更名为特10路。
2015年05月26日,第一客运分公司13路、21路、24路、62路、65路、119路、120路、125路、301路、569路、快速公交3线|BRT3、快速公交3线区间|BRT3区间、专22路划转至电车客运分公司;132路划转至第八客运分公司;659路划转至第七客运分公司;328路划转至第四客运分公司。第二客运分公司2路、5路、7路、12路、14路、17路、19路、25路、36路、39路、56路、59路、69路、70路、71路、525路、603路、685路、快速公交1线|BRT1、专26路、专56路划转至电车客运分公司;66路、511路、556路、夜12路划转至第三客运分公司;夜15路划转至第六客运分公司。第三客运分公司523路、623路、736路、741路、专96路划转至第二客运分公司;318路、327路、385路、396路、472路、473路、663路、特6路、特10路、特19路、专91路、专108路、专109路、专110路、融景城便民班车划转至第六客运分公司;469路、505路、508路、539路、579路、特4路、特5路划转至第四客运分公司。第四客运分公司15路、16路、26路、45路、46路、47路划转至电车客运分公司;专13路划转至第二客运分公司;395路划转至第三客运分公司。第五客运分公司9路、43路、75路、95路、635路、快速公交2线|BRT2、快速公交2线区间|BRT2区间划转至电车客运分公司;421路划转至第八客运分公司;639路划转至第七客运分公司。第六客运分公司10路、20路、夜17路划转至电车客运分公司;63路、83路、309路、310路、313路、321路、321路区间、323路、338路、351路、354路、451路、477路、480路、661路、692路、专27路划转至第三客运分公司。第七客运分公司特12路内环、特12路外环、夜20路划转至电车客运分公司;467路、660路、677路、专112路、专116路划转至第八客运分公司;54路、684路划转至第二客运分公司;549路、608路划转至第四客运分公司;8路、674路划转至第五客运分公司;689路划转至第一客运分公司。第八客运分公司44路内环、44路外环划转至电车客运分公司;378路、602路划转至第二客运分公司;645路划转至第六客运分公司;特16路划转至第七客运分公司;72路划转至第三客运分公司;630路、696路、698路、714路划转至第四客运分公司;466路划转至第一客运分公司。电车客运分公司359路、418路、夜10路划转至第七客运分公司;423路划转至第三客运分公司。同日起原有的两家分公司联营的夜班线路全部取消联营,由一家分公司独立运营,第二客运分公司与电车客运分公司联营的夜2路由电车客运分公司运营;第四客运分公司与第五客运分公司联营的夜3路由第四客运分公司运营;第三客运分公司与第六客运分公司联营的夜5路由第六客运分公司运营;第一客运分公司与第五客运分公司联营的夜6路由第五客运分公司运营;第三客运分公司与第六客运分公司联营的夜7路由第三客运分公司运营;第四客运分公司与第五客运分公司联营的夜13路由第五客运分公司运营;第一客运分公司与第三客运分公司联营的夜14路、夜18路由第一客运分公司运营;第四客运分公司与第六客运分公司联营的夜21路由电车客运分公司运营;第一客运分公司与第二客运分公司联营的夜24路由电车客运分公司运营;第一客运分公司与第五客运分公司联营的夜34路由第五客运分公司运营;第一客运分公司与第六客运分公司联营的夜36路由第三客运分公司运营。
2021年01月09日,为进一步提升线路运营效率,改善运营秩序,自首车起,分段优化第三客运分公司685路,同时在保留线路主要服务功能和客流断面基础上,综合周边线路及邻近场站资源,与736路进行优化整合。685路(博兴一路北口金庄)缩短为博兴一路北口樊家村公交场站。将原685路南段与原736路南段整合,保留亦庄地区前往旧宫、南四环路、天坛医院的服务功能,同时承接736路旧宫、南苑路至南四环路的线路走向;调整736路(灵秀山庄东站鲁谷公交场站),路号变更为354路,调整后首末站不变。中途部分路段改行原685路路由,承接原685路西南四环路至新发地、新宫,以及旧宫地区至新宫接驳地铁大兴线的服务功能和客流需求;新开585路(金庄五棵松桥南),承担原685路北段服务功能,保留金庄、曙光花园前往西四环路的地面公交服务方向,解决上述区域乘客接驳地铁1号线、6号线及前往三零一医院的出行需求。