2001年03月26日,公交总公司9路专线(前门金台路)变更为729路、829路;22路专线(前门颐和园)变更为726路、826路;35路专线(天桥大郊亭)变更为745路;40路专线(五路木樨园)变更为724路、824路;300路内环专线(玉泉营环三环家居玉泉营环三环家居)、300路外环专线(航天桥航天桥)、300路内环空调(城外诚家具商场城外诚家具商场)、300路外环空调(和平街北口和平街北口)分别变更为730路内环、730路外环、830路内环、830路外环;302路专线(辛庄人民大学)变更为731路、831路;320路专线(北京西站西苑)变更为827路,320路支专线(北京西站西苑)变更为727路;332路专线(动物园颐和园)变更为732路、832路,同时因西直门外大街扩建工程以及动物园枢纽动工,延长为展览馆颐和园;358路专线(安定门立水桥、安定门天通苑小区)分别变更为758路、858路;374路专线(太平桥东里颐和园南门)变更为704路;石景山专线(石景山北京西站)变更为747路。上述线路同时划归北京巴士运营。
2007年09月16日,北京公交集团实施第六批优化公交线网方案,调整一批穿城长途线路,削减中途站位改为大站快车,同时变更路号。735路(郁金香花园南门海淀桥东)调整并更名为641路;710路(善各庄新纪元石材市场)调整并更名为677路;801路快车(四方桥西颐和园北宫门)调整并更名为683路;705路(朝新嘉园建欣苑)调整并更名为686路;822路(北京华侨城南站宝隆公寓小区)调整并更名为687路,同时调整为北京华侨城宝隆公寓小区;804路(姜庄湖花乡驾校)调整并更名为689路,同时缩短为花乡驾校惠新东桥西;726路(前门颐和园)调整并更名为690路;719路(韩庄子北北京轮胎厂)调整并更名为691路;744路(北京站东世界公园公交总站)调整并更名为692路;748路(育新小区晓月苑小区)调整并更名为693路;702路(嘉铭园宝隆公寓小区)调整并更名为694路;727路(北京西站清河营村)调整并更名为695路;737路(香山孙河乡政府)调整并更名为696路;716路(菜户营桥东颐和山庄)调整并更名为697路;733路(香山城南嘉园北)调整并更名为698路;811路(富丰桥西回龙观小区)调整并更名为699路;840路内环(黄土岗村黄土岗村)调整并更名为特9路内环;840路外环(十八里店村十八里店村)调整并更名为特9路外环,同时调整为黄土岗村黄土岗村。