2001年03月26日，公交总公司9路专线（前门金台路）变更为729路、829路；22路专线（前门颐和园）变更为726路、826路；35路专线（天桥大郊亭）变更为745路；40路专线（五路木樨园）变更为724路、824路；300路内环专线（玉泉营环三环家居玉泉营环三环家居）、300路外环专线（航天桥航天桥）、300路内环空调（城外诚家具商场城外诚家具商场）、300路外环空调（和平街北口和平街北口）分别变更为730路内环、730路外环、830路内环、830路外环；302路专线（辛庄人民大学）变更为731路、831路；320路专线（北京西站西苑）变更为827路，320路支专线（北京西站西苑）变更为727路；332路专线（动物园颐和园）变更为732路、832路，同时因西直门外大街扩建工程以及动物园枢纽动工，延长为展览馆颐和园；358路专线（安定门立水桥、安定门天通苑小区）分别变更为758路、858路；374路专线（太平桥东里颐和园南门）变更为704路；石景山专线（石景山北京西站）变更为747路。上述线路同时划归北京巴士运营。

2002年02月05日，北京巴士727路（北京西站西苑）调整走向并延长为北京西站北苑家园。

2002年09月12日，北京巴士727路（北京西站北苑家园）延长为北京西站清河营村。

2007年09月16日，北京公交集团实施第六批优化公交线网方案，调整一批穿城长途线路，削减中途站位改为大站快车，同时变更路号。735路（郁金香花园南门海淀桥东）调整并更名为641路；710路（善各庄新纪元石材市场）调整并更名为677路；801路快车（四方桥西颐和园北宫门）调整并更名为683路；705路（朝新嘉园建欣苑）调整并更名为686路；822路（北京华侨城南站宝隆公寓小区）调整并更名为687路，同时调整为北京华侨城宝隆公寓小区；804路（姜庄湖花乡驾校）调整并更名为689路，同时缩短为花乡驾校惠新东桥西；726路（前门颐和园）调整并更名为690路；719路（韩庄子北北京轮胎厂）调整并更名为691路；744路（北京站东世界公园公交总站）调整并更名为692路；748路（育新小区晓月苑小区）调整并更名为693路；702路（嘉铭园宝隆公寓小区）调整并更名为694路；727路（北京西站清河营村）调整并更名为695路；737路（香山孙河乡政府）调整并更名为696路；716路（菜户营桥东颐和山庄）调整并更名为697路；733路（香山城南嘉园北）调整并更名为698路；811路（富丰桥西回龙观小区）调整并更名为699路；840路内环（黄土岗村黄土岗村）调整并更名为特9路内环；840路外环（十八里店村十八里店村）调整并更名为特9路外环，同时调整为黄土岗村黄土岗村。