2007年09月16日，北京公交集团实施第六批优化公交线网方案，调整一批穿城长途线路，削减中途站位改为大站快车，同时变更路号。735路（郁金香花园南门海淀桥东）调整并更名为641路；710路（善各庄新纪元石材市场）调整并更名为677路；801路快车（四方桥西颐和园北宫门）调整并更名为683路；705路（朝新嘉园建欣苑）调整并更名为686路；822路（北京华侨城南站宝隆公寓小区）调整并更名为687路，同时调整为北京华侨城宝隆公寓小区；804路（姜庄湖花乡驾校）调整并更名为689路，同时缩短为花乡驾校惠新东桥西；726路（前门颐和园）调整并更名为690路；719路（韩庄子北北京轮胎厂）调整并更名为691路；744路（北京站东世界公园公交总站）调整并更名为692路；748路（育新小区晓月苑小区）调整并更名为693路；702路（嘉铭园宝隆公寓小区）调整并更名为694路；727路（北京西站清河营村）调整并更名为695路；737路（香山孙河乡政府）调整并更名为696路；716路（菜户营桥东颐和山庄）调整并更名为697路；733路（香山城南嘉园北）调整并更名为698路；811路（富丰桥西回龙观小区）调整并更名为699路；840路内环（黄土岗村黄土岗村）调整并更名为特9路内环；840路外环（十八里店村十八里店村）调整并更名为特9路外环，同时调整为黄土岗村黄土岗村。

2010年01月26日，第一客运分公司24路、201路、379路、614路划转至第七客运分公司；8路、42路、60路划转至电车客运分公司；305路划转至新奥客运分公司。第二客运分公司20路、203路划转至第六客运分公司；300路内环划转至新奥客运分公司。第四客运分公司7路划转至第二客运分公司；10路、204路内环、204路外环、334路划转至第六客运分公司。第五客运分公司352路划转至第二客运分公司；359路划转至第七客运分公司；300路外环、378路、439路划转至新奥客运分公司。第六客运分公司631路、631路快车划转至第二客运分公司；356路、480路划转至第三客运分公司；58路、212路、311路、318路、327路、385路、396路、663路划转至双层客运分公司。第七客运分公司119路、125路、407路、426路划转至第一客运分公司；104路快车、110路、116路、515路、823路划转至电车客运分公司。电车客运分公司653路划转至第一客运分公司；410路、456路划转至第二客运分公司；411路划转至第五客运分公司。新奥客运分公司681路、699路、839路划转至第一客运分公司，477路、658路、694路、697路、717路划转至第三客运分公司；509路、518路划转至第四客运分公司；75路、635路、718路划转至第五客运分公司；64路、611路、612路划转至第六客运分公司；605路、682路、701路划转至第七客运分公司。专线客运分公司482路、498路、562路划转至第四客运分公司；457路、561路划转至第五客运分公司；802路划转至第六客运分公司；467路、660路、677路划转至第七客运分公司。双层客运分公司504路、679路划转至第二客运分公司；678路、692路划转至第三客运分公司；489路、746路划转至第四客运分公司；527路、728路划转至第六客运分公司；707路划转至第七客运分公司。

2010年10月26日，北京公交集团撤销原第三客运分公司、第七客运分公司，两分公司线路划转至其他分公司运营。第一客运分公司接收第三客运分公司658路、694路；第七客运分公司24路、120路、131路、201路、208路、379路、536路、659路。第二客运分公司接收第三客运分公司5路、49路、67路、340路、349路、390路、497路、603路、678路、三环临线。第四客运分公司接收第三客运分公司40路、45路、46路、47路、332路、507路、613路、697路、717路。第五客运分公司接收第七客运分公司122路、126路、211路、412路、419路、420路、421路、494路、503路、605路、628路、639路、640路、682路。第六客运分公司接收第三客运分公司63路、72路、205路、309路、321路、321路区间、323路、323路快车、477路、480路、604路、661路、692路。电车客运分公司接收第三客运分公司6路、22路、38路、82路、394路；第七客运分公司55路、113路、132路、210路、359路、401路、418路。双层客运分公司接收第三客运分公司77路、339路、339路区间、356路、391路、452路、458路、459路、550路、616路、646路、662路，同时更名为第三客运分公司。专线客运分公司接收第七客运分公司402路、403路、405路、413路、424路、431路、445路、446路、467路、516路、538路、595路、629路、656路、660路、677路，同时更名为第七客运分公司。新奥客运分公司接收第三客运分公司44路外环、44路内环；第七客运分公司130路、404路、406路、408路、409路、415路、416路、417路、422路、470路、471路、547路、630路、657路、701路、707路，同时更名为第八客运分公司。

2020年08月26日，因万丰路南延工程占用怡海花园西门公交场站，无法支撑线路运营，第一客运分公司694路（嘉铭园怡海花园西门）末站由怡海花园西门调整至六圈路西口，首站正式由嘉铭园延长至嘉铭园公交场站，调整后首末站为嘉铭园公交场站六圈路西口；658路（嘉铭园定慧桥南）同时正式延长为嘉铭园公交场站定慧桥南。

2022年05月21日，按照丰台区疫情防控工作要求，途经丰台区的第一客运分公司300路快车内环、300路快车外环；第二客运分公司53路；第三客运分公司48路、49路、50路、51路、54路、66路、67路、69路、72路、77路、83路、90路、133路、134路、137路、139路、144路、309路、310路、313路、321路、323路、329路、339路、343路、349路、351路、353路、354路、356路、366路快车、368路内环、368路外环、369路、377路、381路、381通勤快车、391路、395路、423路、434路、454路、458路、459路、470路、474路、477路、480路、483路、483通勤快车、497路、501路、511路、524路、526路、529路、550路、555路、556路、565路、576路、602路、622路、627路、652路、665路、676路、676通勤快车、678路、679通勤快车、680路、692路、830路、843路、964路、978路、983路、专4路、专9路、专13路、专17路、专18路、专27路、专33路、专55路、专57路、专59路、专62路、专63路、专65路、专67路、专68路、专115路、专130路、专145路、专149路、专161路、专162路、专163路、专177路、专178路、专179路、专180路、专190路、专199路、专209路、夜7路、夜16路、夜23路；第四客运分公司52路、76路区间、327路、436路、481路、507路、574路、611路、专146路；第五客运分公司825路、997路；第六客运分公司456路、646路、845路、848路、903路、912路、946路、968路、969路；电车客运分公司17路、25路、39路、70路、71路、128路、专26路、专30路、专34路、专53路、专76路、专155路、专156路、专176路、夜15路采取暂停运营措施；第一客运分公司4路、141路、694路、夜18路；第三客运分公司84路、142路、324路、366路、485路、599路、631路、679路、685路、687路、夜12路、夜28路、夜36路；第四客运分公司40路、57路、68路、76路、568路、598路、603路、612路、夜4路；第五客运分公司820路、821路、849路；第六客运分公司827路、829路、840路、954路、957路；第八客运分公司890路、941路、941路快车、961路、977路；电车客运分公司2路、5路、6路、7路、12路、14路、19路、38路、43路、45路、46路、59路、88路、120路、专154路、夜2路、夜11路采取区间运营措施。

2022年06月09日，按照疫情防控工作要求，前期受丰台区疫情管控影响的第一客运分公司4路、694路、夜18路；第二客运分公司53路、第三客运分公司、48路、49路、50路、51路、54路、62路、66路、67路、69路、72路、77路、83路、90路、91路、93路、96路、97路、133路、134路、142路、144路、309路、310路、313路、321路、323路、324路、329路、338路、339路、343路、349路、351路、353路、354路、356路、366路快车、368路内环、368路外环、369路、377路、381路、381通勤快车、390路、391路、395路、400路快车内环、400路快车外环、423路、434路、452路、454路、458路、459路、470路、474路、477路、480路、483路、483通勤快车、485路、497路、501路、511路、529路、550路、556路、599路、602路、622路、627路、631路、652路、665路、676路、676通勤快车、678路、679路、679通勤快车、685路、687路、692路、830路、843路、964路、978路、983路、专3路、专4路、专9路、专13路、专18路、专27路、专33路、专55路、专57路、专59路、专63路、专65路、专67路、专68路、专115路、专130路、专145路、专149路、专161路、专162路、专163路、专177路、专178路、专179路、专180路、专190路、专199路、专209路、夜7路、夜12路、夜16路、夜23路、夜36路；第四客运分公司40路、52路、57路、64路、68路、76路、335路、436路、473路、481路、507路、531路、568路、603路、611路、612路、644路、专127路、夜4路；第五客运分公司820路、825路、990路、997路；第六客运分公司456路、616路、646路、827路、829路、832路、835路、836路、839路、840路、845路、895路、896路、901路、901路快车、903路、912路、917路、934路、946路、951路、952路、954路、957路、967路、968路、969路、971路、993路；第七客运分公司973路；第八客运分公司890路、941路、941路快车、948路、958路、959路、961路、977路、982路；电车客运分公司2路、5路、6路、7路、12路、14路、17路、19路、25路、38路、39路、43路、45路、46路、59路、70路、71路、74路、88路、120路、128路、专26路、专30路、专34路、专53路、专76路、专138路、专154路、专155路、专156路、专176路、夜2路、夜11路、夜15路恢复全线运营；第一客运分公司141路；第三客运分公司84路、139路、366路、524路、526路、555路、576路、夜28路、专17路、专62路、专189路；第四客运分公司327路、554路、574路、624路、634路、专146路；第五客运分公司821路、828路、943路、986路；第六客运分公司838路、917路快车恢复区间运营。

2022年10月15日，按照防疫工作要求，第一客运分公司658路（嘉铭园公交场站定慧桥南）、694路（嘉铭园公交场站六圈路西口）暂停运营。

2022年10月23日，按照防疫工作要求，前期采取停驶措施的第一客运分公司658路、694路；第七客运分公司935路快车恢复正常运营。

2024年08月18日，为优化整合地面公交运力资源，削减长距离重复并行路段，第一客运分公司387路（慧忠路东口北京西站）、694路（嘉铭园公交场站六圈路西口）合并为387路（慧忠路东口六圈路西口）。配合694路调整，弥补嘉铭园、小营北路地区地面公交基础服务，380路（慧忠里德胜门）调整为嘉铭园公交场站德胜门。