2005年12月16日，按照统一规范公交线路路号和站名的计划，北京公交集团公布了对部分带“支”字线路的路号和部分“9”字头线路路号重新规范的第二批更名计划，涉及北京公交集团和北京巴士的部分线路。39路支线（城外诚建材城北京站）变更为25路；120路支线（甘露园前门）变更为126路；320路支线（北京西站西苑）变更为319路；373路支线（衙门口公主坟）变更为436路；374路支线（北京西站颐和园南门）变更为437路；413路支线（南十里居单店）变更为424路；417路支线（鲁疃安定门）变更为426路；406路支线（单店十条豁口）变更为431路；605路支线（公主坟西道口）变更为612路，同时调整为马场公主坟；727路支线（北京西站海䴖落）变更为722路；732路支线（颐和园寿宝庄）变更为712路，同时调整为颐和园团河北村；744路支线（王佐站北京站东街）变更为739路；803路支线（二拔子新村安定门）变更为805路；817路支线（杜家坎宝盛里小区）变更为809路；819路支线（宏福苑小区翡翠城小区）路号变更为839路；846路支线（东潞苑小区定慧桥）变更为855路；901路（阜成路黄村火车站）变更为631路，901路快车（阜成路黄村火车站）变更为631路快车；905路（长丰园南站颐和园南门）变更为635路；908路（北京站东街黎各庄）变更为639路；908路支线（北京站东街半壁店）变更为640路；921路（大峪东湖）变更为645路，同时缩短为大峪民族园路；932路（小红庙金五星百货城）变更为650路；941路（恩济西街北苑家园）变更为653路；946路（城外诚建材城定慧桥）变更为654路；946路支线（八里河卫生院）变更为655路，同时调整为方庄南口鹿圈卫生院；953路（左家庄黎各庄）变更为659路；962路（黄村火车站白石桥）变更为660路；965路（五芳园西站黑石头村）变更为663路，同时调整为苹果园南小马厂。

2009年01月10日，第四客运分公司645路（大峪民族园路）调整为大峪地铁北土城站。

2012年12月30日，快速公交4线|BRT4（龙泉西公交场站阜成门）、快速公交4线支线|BRT4支线（龙泉西公交场站地铁海淀五路居站）开通，由第四客运分公司运营；同时新辟专61路（龙泉西公交场站龙门二区）以实现接驳功能。配合快速公交4线、快速公交4线支线以及地铁6号线一期开通，合理配置阜成路公交资源，第四客运分公司335路（阜成门东大街南口）调整为地铁海淀五路居站东大街南口；336路（阜成门大峪）缩短为大峪地铁海淀五路居站，撤销336路快车（阜成门大峪）、645路（大峪地铁北土城站）、645路区间（大峪白石桥东）、645路快车（大峪航天桥西）；746路（阜成门石景山高井）缩短为石景山高井黄南苑小区，同时变更路号为358路；第三客运分公司505路（香泉环岛航天桥西）缩短为香泉环岛定慧桥南；第七客运分公司619路（翠福园小区五路桥东）缩短为翠福园小区常营民族家园，同时变更路号为583路。为替代645路东段走向，电车客运分公司新辟92路（地铁海淀五路居站地铁北土城站）。