2005年12月16日,按照统一规范公交线路路号和站名的计划,北京公交集团公布了对部分带“支”字线路的路号和部分“9”字头线路路号重新规范的第二批更名计划,涉及北京公交集团和北京巴士的部分线路。39路支线(城外诚建材城北京站)变更为25路;120路支线(甘露园前门)变更为126路;320路支线(北京西站西苑)变更为319路;373路支线(衙门口公主坟)变更为436路;374路支线(北京西站颐和园南门)变更为437路;413路支线(南十里居单店)变更为424路;417路支线(鲁疃安定门)变更为426路;406路支线(单店十条豁口)变更为431路;605路支线(公主坟西道口)变更为612路,同时调整为马场公主坟;727路支线(北京西站海䴖落)变更为722路;732路支线(颐和园寿宝庄)变更为712路,同时调整为颐和园团河北村;744路支线(王佐站北京站东街)变更为739路;803路支线(二拔子新村安定门)变更为805路;817路支线(杜家坎宝盛里小区)变更为809路;819路支线(宏福苑小区翡翠城小区)路号变更为839路;846路支线(东潞苑小区定慧桥)变更为855路;901路(阜成路黄村火车站)变更为631路,901路快车(阜成路黄村火车站)变更为631路快车;905路(长丰园南站颐和园南门)变更为635路;908路(北京站东街黎各庄)变更为639路;908路支线(北京站东街半壁店)变更为640路;921路(大峪东湖)变更为645路,同时缩短为大峪民族园路;932路(小红庙金五星百货城)变更为650路;941路(恩济西街北苑家园)变更为653路;946路(城外诚建材城定慧桥)变更为654路;946路支线(八里河卫生院)变更为655路,同时调整为方庄南口鹿圈卫生院;953路(左家庄黎各庄)变更为659路;962路(黄村火车站白石桥)变更为660路;965路(五芳园西站黑石头村)变更为663路,同时调整为苹果园南小马厂。
2009年01月10日,第四客运分公司645路(大峪民族园路)调整为大峪地铁北土城站。
2012年12月30日,快速公交4线|BRT4(龙泉西公交场站阜成门)、快速公交4线支线|BRT4支线(龙泉西公交场站地铁海淀五路居站)开通,由第四客运分公司运营;同时新辟专61路(龙泉西公交场站龙门二区)以实现接驳功能。配合快速公交4线、快速公交4线支线以及地铁6号线一期开通,合理配置阜成路公交资源,第四客运分公司335路(阜成门东大街南口)调整为地铁海淀五路居站东大街南口;336路(阜成门大峪)缩短为大峪地铁海淀五路居站,撤销336路快车(阜成门大峪)、645路(大峪地铁北土城站)、645路区间(大峪白石桥东)、645路快车(大峪航天桥西);746路(阜成门石景山高井)缩短为石景山高井黄南苑小区,同时变更路号为358路;第三客运分公司505路(香泉环岛航天桥西)缩短为香泉环岛定慧桥南;第七客运分公司619路(翠福园小区五路桥东)缩短为翠福园小区常营民族家园,同时变更路号为583路。为替代645路东段走向,电车客运分公司新辟92路(地铁海淀五路居站地铁北土城站)。