2001年04月26日，第四客运分公司336路专线（阜成门高井）变更为746路；360路专线（香山动物园）变更为714路；375-365专线（西直门马连洼）变更为722路；375支-365支专线（西直门马连洼）变更为749路；398-375专线（育新小区车公庄）变更为748路。上述线路同时划归北京巴士运营。

2010年01月26日，第一客运分公司24路、201路、379路、614路划转至第七客运分公司；8路、42路、60路划转至电车客运分公司；305路划转至新奥客运分公司。第二客运分公司20路、203路划转至第六客运分公司；300路内环划转至新奥客运分公司。第四客运分公司7路划转至第二客运分公司；10路、204路内环、204路外环、334路划转至第六客运分公司。第五客运分公司352路划转至第二客运分公司；359路划转至第七客运分公司；300路外环、378路、439路划转至新奥客运分公司。第六客运分公司631路、631路快车划转至第二客运分公司；356路、480路划转至第三客运分公司；58路、212路、311路、318路、327路、385路、396路、663路划转至双层客运分公司。第七客运分公司119路、125路、407路、426路划转至第一客运分公司；104路快车、110路、116路、515路、823路划转至电车客运分公司。电车客运分公司653路划转至第一客运分公司；410路、456路划转至第二客运分公司；411路划转至第五客运分公司。新奥客运分公司681路、699路、839路划转至第一客运分公司，477路、658路、694路、697路、717路划转至第三客运分公司；509路、518路划转至第四客运分公司；75路、635路、718路划转至第五客运分公司；64路、611路、612路划转至第六客运分公司；605路、682路、701路划转至第七客运分公司。专线客运分公司482路、498路、562路划转至第四客运分公司；457路、561路划转至第五客运分公司；802路划转至第六客运分公司；467路、660路、677路划转至第七客运分公司。双层客运分公司504路、679路划转至第二客运分公司；678路、692路划转至第三客运分公司；489路、746路划转至第四客运分公司；527路、728路划转至第六客运分公司；707路划转至第七客运分公司。

2012年12月30日，快速公交4线|BRT4（龙泉西公交场站阜成门）、快速公交4线支线|BRT4支线（龙泉西公交场站地铁海淀五路居站）开通，由第四客运分公司运营；同时新辟专61路（龙泉西公交场站龙门二区）以实现接驳功能。配合快速公交4线、快速公交4线支线以及地铁6号线一期开通，合理配置阜成路公交资源，第四客运分公司335路（阜成门东大街南口）调整为地铁海淀五路居站东大街南口；336路（阜成门大峪）缩短为大峪地铁海淀五路居站，撤销336路快车（阜成门大峪）、645路（大峪地铁北土城站）、645路区间（大峪白石桥东）、645路快车（大峪航天桥西）；746路（阜成门石景山高井）缩短为石景山高井黄南苑小区，同时变更路号为358路；第三客运分公司505路（香泉环岛航天桥西）缩短为香泉环岛定慧桥南；第七客运分公司619路（翠福园小区五路桥东）缩短为翠福园小区常营民族家园，同时变更路号为583路。为替代645路东段走向，电车客运分公司新辟92路（地铁海淀五路居站地铁北土城站）。