1999年09月17日，第二客运分公司新辟366路支线（左安门福苑小区）。

2004年04月15日，为缓解北京市区交通拥堵，合理配置线路资源，方便市民乘车，减少因配置不合理造成的拥堵和秩序混乱，在市交通委的领导下，市运管局、市交管局、公交总公司认真分析各方意见，反复勘察线路，在充分论证的基础上，对一批线路进行整合。第一客运分公司3路（北京游乐园北京游乐园）与第二客运分公司12路（五间楼广渠门）合并，改为12路（五间楼五间楼）；第三客运分公司5路（前门德胜门）与53路（前门菜户营）合并，改为5路（菜户营德胜门）；第三客运分公司6路（六里桥北京游乐园）与50路（丽泽桥永安路）合并，改为6路（丽泽桥北京游乐园）；第四客运分公司26路（西钓鱼台官园）与392路（西直门西二旗北站）合并，改为392路（西二旗北站西钓鱼台）；第二客运分公司54路（北京站海户屯）与59路（前门大观园）合并，改为59路（大观园北京站）；第二客运分公司63路（北京站方庄南口）与366路支线（左安门福苑小区）合并，改为366路支线（北京站福苑小区）；第四客运分公司301路（北宫门小牛坊）与384路（北宫门人民大学）合并，改为384路（永丰站人民大学）；第五客运分公司316路（通州北苑大稿新村）与319路（通州北苑龙旺庄小区）合并，改为316路（龙旺庄小区大稿新村）；第四客运分公司326路（圈门六区地铁站）与370路（公主坟廖公庄）合并，改为370路（圈门公主坟）；第一客运分公司379路（左家庄育新小区）与379路支线（和平街北口洼里乡政府）合并，改为379路（左家庄育新小区）。

2005年11月26日，按照统一规范公交线路路号和站名的计划，北京公交集团公布了对部分带“支”字线路的路号和部分“9”字头线路路号重新规范的第一批更名计划。16路支线（二里庄西便门）变更为26路；41路支线（北京站弘燕桥）变更为29路；119路支线（地坛芍药居）变更为125路；309路支线（前门宛平小区）变更为301路；332路支线（六里桥颐和园）变更为394路；344路（德胜门回龙观小区）变更为344路快车，同时344路支线（德胜门二六一医院）变更为344路；345路支线（德胜门昌平东关）变更为345路快车；350路支线（东大桥东坝）变更为433路；355路支线（小营西站西二旗北站）变更为333路；358路支线（安定门种禽公司）变更为430路；366路支线（北京站福苑小区）变更为434路；372路支线（北苑梨园）变更为435路；375路支线（西直门永丰站）变更为438路；378路支线（左安东路百子湾火车站）变更为439路；603路支线（怡海花园西三旗）变更为604路；902路（小营西站五路）变更为632路；903路（小营西站杨坨）路号变更为633路；904路（西直门香山）变更为634路；907路（北京站东街次渠）变更为637路；907路支线（北京站东街焦化厂）变更为638路；911路（小营西站阳坊北站）变更为642路；912路（安定门九龙游乐园）变更为643路；912路支线（安定门北苑家园）变更为644路；922路（良乡闫村桥前门）变更为646路；928路（大北窑大马庄）变更为647路；928路支线（大北窑结研所）变更为648路；928路支1（疃里三区双龙小区）变更为649路；933路（温泉北站西直门）变更为651路；933路支线（上庄卫生院万泉庄）变更为652路；951路（南十里居东北旺中路）变更为656路；952路（东湖丰台路口）变更为657路；964路（太子峪陵园长椿街）变更为661路；964路支线（云岗一〇一所长椿街）变更为662路；973路（苹果园地铁城铁上地站）变更为664路。