2001年04月05日，第七客运分公司416联405路（侯庄大北窑）调整为421路（大北窑广顺北大街）。

2001年11月26日，启用东湖新场站，第七客运分公司421路（大北窑广顺北大街）延长为大北窑东湖，606路（望京路雍和宫）延长为东湖望京路，952路（望京路丰台路口）延长为东湖丰台路口，952路支线（望京路十八里店北桥）延长为东湖十八里店北桥。

2010年10月26日，北京公交集团撤销原第三客运分公司、第七客运分公司，两分公司线路划转至其他分公司运营。第一客运分公司接收第三客运分公司658路、694路；第七客运分公司24路、120路、131路、201路、208路、379路、536路、659路。第二客运分公司接收第三客运分公司5路、49路、67路、340路、349路、390路、497路、603路、678路、三环临线。第四客运分公司接收第三客运分公司40路、45路、46路、47路、332路、507路、613路、697路、717路。第五客运分公司接收第七客运分公司122路、126路、211路、412路、419路、420路、421路、494路、503路、605路、628路、639路、640路、682路。第六客运分公司接收第三客运分公司63路、72路、205路、309路、321路、321路区间、323路、323路快车、477路、480路、604路、661路、692路。电车客运分公司接收第三客运分公司6路、22路、38路、82路、394路；第七客运分公司55路、113路、132路、210路、359路、401路、418路。双层客运分公司接收第三客运分公司77路、339路、339路区间、356路、391路、452路、458路、459路、550路、616路、646路、662路，同时更名为第三客运分公司。专线客运分公司接收第七客运分公司402路、403路、405路、413路、424路、431路、445路、446路、467路、516路、538路、595路、629路、656路、660路、677路，同时更名为第七客运分公司。新奥客运分公司接收第三客运分公司44路外环、44路内环；第七客运分公司130路、404路、406路、408路、409路、415路、416路、417路、422路、470路、471路、547路、630路、657路、701路、707路，同时更名为第八客运分公司。

2015年05月26日，第一客运分公司13路、21路、24路、62路、65路、119路、120路、125路、301路、569路、快速公交3线|BRT3、快速公交3线区间|BRT3区间、专22路划转至电车客运分公司；132路划转至第八客运分公司；659路划转至第七客运分公司；328路划转至第四客运分公司。第二客运分公司2路、5路、7路、12路、14路、17路、19路、25路、36路、39路、56路、59路、69路、70路、71路、525路、603路、685路、快速公交1线|BRT1、专26路、专56路划转至电车客运分公司；66路、511路、556路、夜12路划转至第三客运分公司；夜15路划转至第六客运分公司。第三客运分公司523路、623路、736路、741路、专96路划转至第二客运分公司；318路、327路、385路、396路、472路、473路、663路、特6路、特10路、特19路、专91路、专108路、专109路、专110路、融景城便民班车划转至第六客运分公司；469路、505路、508路、539路、579路、特4路、特5路划转至第四客运分公司。第四客运分公司15路、16路、26路、45路、46路、47路划转至电车客运分公司；专13路划转至第二客运分公司；395路划转至第三客运分公司。第五客运分公司9路、43路、75路、95路、635路、快速公交2线|BRT2、快速公交2线区间|BRT2区间划转至电车客运分公司；421路划转至第八客运分公司；639路划转至第七客运分公司。第六客运分公司10路、20路、夜17路划转至电车客运分公司；63路、83路、309路、310路、313路、321路、321路区间、323路、338路、351路、354路、451路、477路、480路、661路、692路、专27路划转至第三客运分公司。第七客运分公司特12路内环、特12路外环、夜20路划转至电车客运分公司；467路、660路、677路、专112路、专116路划转至第八客运分公司；54路、684路划转至第二客运分公司；549路、608路划转至第四客运分公司；8路、674路划转至第五客运分公司；689路划转至第一客运分公司。第八客运分公司44路内环、44路外环划转至电车客运分公司；378路、602路划转至第二客运分公司；645路划转至第六客运分公司；特16路划转至第七客运分公司；72路划转至第三客运分公司；630路、696路、698路、714路划转至第四客运分公司；466路划转至第一客运分公司。电车客运分公司359路、418路、夜10路划转至第七客运分公司；423路划转至第三客运分公司。同日起原有的两家分公司联营的夜班线路全部取消联营，由一家分公司独立运营，第二客运分公司与电车客运分公司联营的夜2路由电车客运分公司运营；第四客运分公司与第五客运分公司联营的夜3路由第四客运分公司运营；第三客运分公司与第六客运分公司联营的夜5路由第六客运分公司运营；第一客运分公司与第五客运分公司联营的夜6路由第五客运分公司运营；第三客运分公司与第六客运分公司联营的夜7路由第三客运分公司运营；第四客运分公司与第五客运分公司联营的夜13路由第五客运分公司运营；第一客运分公司与第三客运分公司联营的夜14路、夜18路由第一客运分公司运营；第四客运分公司与第六客运分公司联营的夜21路由电车客运分公司运营；第一客运分公司与第二客运分公司联营的夜24路由电车客运分公司运营；第一客运分公司与第五客运分公司联营的夜34路由第五客运分公司运营；第一客运分公司与第六客运分公司联营的夜36路由第三客运分公司运营。

2016年12月26日，第一客运分公司621路（老君堂半截塔村）缩短为半截塔村大西洋新城南门；替代原621路中段走向，421路（大北窑北东湖、东湖大北窑南）调整中途走向，首末站调整为东湖大北窑南；替代原621路南段走向，新辟专72路（老君堂华威桥南）。

2024年10月18日，为解决421路撤出后，万红西街、芳园西路地区居民前往酒仙桥的出行需求，第一客运分公司新开专23路（酒仙桥公交场站万红西街）。开通时间为当日13:00。

2024年10月19日，为配合国贸地区桥下公交场站腾退疏解工作，同时削减新华大街、通胡大街、京通快速、通燕高速、东三环路、西大望路、广顺南大街地面公交并行路段，第二客运分公司647路（万盛南街大北窑东）停止运营，342路（古城西桥公交场站翠福园小区）调整为万盛南街翠福园小区，承接647路梨园、玉桥、中仓地区地面公交服务；第一客运分公司421路（东湖大北窑南）停止运营，第七客运分公司988路（马泉营四惠枢纽站）中途改行亮马桥路、朝阳公园西路、朝阳公园南路，承接421路酒仙桥地区至朝阳公园西路的地面公交服务；第五客运分公司804路（杨洼大北窑南）、806路（太玉园公交场站大北窑南）、807路（土桥公交场站大北窑南）市区端上下车站由大北窑南调整至恒惠路，808路（佰富苑大北窑东）、808路华龙班车（小堡商业广场大北窑东、八王坟东小堡商业广场）更名为809路华龙班车，814路（上上城五期大北窑南）市区端上车站由大北窑南调整至郎家园，846路（杨秀店公交场站大北窑南）、976路（盛林苑公交场站大北窑南）市区端上下车站由大北窑南调整至十里河桥北。